V roce 2000 bylo přikročeno k zásadní rekonstrukci úpravny tak, aby byla schopna odstranit ve vysokých koncentracích železo a mangan a zvýšenou oxidovatelnost. Úpravna vody Černovír bude po realizaci uvedené rekonstrukce a modernizace upravovat podzemní vodu z jímacích území Černovír, Štěpánov a Chomoutov. Akce pokračovala i v roce 2001.